SARS-CoV-2 Tests antigéniques, RT-PCR, sérologie

Les différents tests

Trois méthodes biologiques, la RT-PCR, les tests antigéniques, la sérologie permettent de diagnostiquer une infection à SARS-CoV-2, leurs indications sont complémentaires et ciblées selon le stade de l’infection.

Le malade est contagieux 2 à 4 jours avant les premiers symptômes de la maladie. ne l’est plus 7 à 10 jours après les premiers symptômes, soit 2 semaines après la contamination.

La RT-PCR

Test de référence par prélèvement nasopharyngé postérieur, il détecte la présence de l’ARN viral.
Spécificité excellente (il ne détecte que le SARS-CoV-2). Sa sensibilité dépend de la qualité du prélèvement (profond) et du stade de l’infection, l’excrétion respiratoire virale est maximale à la fin de la première semaine après contamination et diminue lorsque la réponse immunitaire (IgM puis IgG) apparait.
Dans l’appareil de RT-PCR les brins d’ARN sont copiés et amplifiés en un processus cyclique.

La charge virale  est reflétée par le nombre de cycles (Ct) de seuil de positivité: Ct < 25 charge élevée, Ct = 25 à 35, intermédiaire, Ct > 35 basse.

Examen à réaliser chez un sujet suspect d’infection à SARS-CoV-2, symptomatique ou non.
Après un contact, le test PCR doit être réalisé dans les 5 à 8 jours après le contact.
Les lieux de prélèvement possibles sont référencés sur ce site dédié

Afin de dédramatiser la situation pour l’enfant, de nombreux pédiatres réalisent eux-mêmes le prélèvement à leur cabinet, à charge des parents de porter simplement le tube au laboratoire.

Les tests antigéniques (TROD)

Ces tests rapides (résultat en moins de 15 mn) détectent la présence de protéines virales et permettent un diagnostic d’infection SARS-CoV-2 en ambulatoire.
Spécificité excellente, sensibilité moindre que celle de la PCR. Si leur sensibilité est moindre (85% en moyenne), ils permettent un dépistage large de l’infection. Un test antigénique se positive à partir de 10 000 copies virales par ml alors qu’une PCR détecte dès 1000 copies.

La qualité du prélèvement est essentielle, les résultats dépendants de la quantité de virus présent, toujours faire un prélèvement naso-pharyngé profond. Un prélèvement salivaire est moins fiable, du fait de la dilution et des enzymes salivaires.

Le 25 septembre 2020 la HAS a validé le recours au prélèvement oropharyngé pour les tests RT-PCR des personnes asymptomatiques chez qui le prélèvement nasopharyngé est contre-indiqué (prendre garde au réflexe nauséeux éventuel).Avis HAS.

Le 9 octobre 2020 la HAS a proposé que les TROD soient uniquement utilisés chez les sujets symptomatiques, lors des 4 premiers jours de symptômes (charge virale élevée: Consulter la recommandation HAS

• personnes asymptomatiques dans le cadre de dépistages collectifs ciblés (établissements collectifs)
•  Les personnes symptomatiques, dans les 4 premiers jours après l’apparition des symptômes, sous réserve d’un âge inférieur ou égal à 65 ans et de l’absence de comorbidité / absence de risque de développer une forme grave de la maladie

Parution au Journal Officiel du 17 novembre 2020 de la réglementation d’usage des tests antigéniques

La sérologie

A partir de la troisième semaine après le contage, deux semaines après les premiers symptômes, le taux d’anticorps s’élève progressivement, IgM puis IgG. Un test de diagnostic rapide à partir d’une goutte de sang avec un résultat en moins de 10 mn peut mettre en évidence ces anticorps, témoignant d’une infection ancienne. A ce moment là l’enfant n’est plus contagieux.
Commentaire : en cas de RT-PCR positive chez un sujet déjà infecté dans les semaines précédentes, la sérologie est indispensable, la présence d’anticorps associée à une charge virale faible (Ct>35) témoignant d’une présence de SARS-CoV-2 non contagieux.

A ce jour les données manquent pour savoir si ces anticorps sont protecteurs, et pour quelle durée.
Pour le matériel consultez la page « Nos outils ».

Démarche diagnostique (Infovac France)

• Enfant symptomatique: un test positif fait le diagnostic
• Enfant cas contact: un test négatif n’élimine pas le diagnostic, une RT-PCR est nécessaire, ou refaire un test quelques jours après si l’enfant reste à domicile, ne va pas en collectivité.

Règles pour tout prélèvement des voies respiratoires

• Port d’un masque de protection FFP2
• Port systématique de lunettes de protection ou une visière
• Toujours utiliser un écouvillon de petit diamètre
• Une seule narine si le prélèvement est bien réalisé en rhino-pharyngé postérieur, en tournant l’écouvillon pour bien frotter la muqueuse

Modalités de rémunération des médecins pour la réalisation des tests antigéniques

• Patient testé négatif: cotation C2 (46€)
• Patient testé positif, cotation C2+MIS (46+30 €) en raison de l’explication de l’ensemble des mesures à prendre (isolement, gestes barrières, points sur les traitements nécessaires, évaluation des situations devant faire l’objet d’une vigilance particulière) et de l’initiation du contact tracing.

Ces consultations sont prises en charge à 100 % par l’assurance maladie obligatoire en utilisant le code EXO DIV 3.

Déclaration pour traçabilité

Un document de traçabilité est à remettre au patient

Tout résultat (positif comme négatif) devra être saisi dans un système de saisie (SI-DEP) recueillant l’ensemble des résultats de tests (non encore en ligne)

Références

• Immunité et méthodes diagnostiques de la Covid-19 Document Infovac
• Les tests de diagnostic rapide du SARS-CoV-2 Quelle stratégie ? R.Cohen R.Touitou C.Levy M&E octobre 2020
• HAS Place des TROD dans la stratégie diagnostique de prise en charge de la Covid-19
  HUHM Evaluation de la performance diagnostique des TROD Covid-19

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