Le développement du microbiote pendant l’enfance

D'après l'intervention du Dr Bénédicte Pigneur

Rédaction : Roxane Desandes, Isabelle Sartelet

L’installation du microbiote intestinal se poursuit de la naissance jusque l’âge de 5 ans.

Le mode d’accouchement ainsi que le type d’alimentation (préparation infantile ou lait maternel) ont un impact sur l’installation du microbiote jusqu’à 2 ans. Les inhibiteurs de la pompe à protons comme les antibiotiques modifient l’équilibre du microbiote.



La dysbiose (déséquilibre ou mauvaise adaptation du microbiote intestinal) peut être secondaire à une diarrhée infectieuse, la prise d’antibiotiques (per os, intraveineux) pendant la grossesse, en période néonatale et pendant la petite enfance (< 5 ans). Le risque de dysbiose augmente avec le nombre de cures d’antibiotiques.

Les conséquences à long terme de la dysbiose sont :

• Un risque accru d’obésité ^[1]


• Un risque accru d’allergie et d’asthme ^[2]


• Un risque accru de maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI).^[3]

La prévention de la dysbiose est possible en anténatal en limitant l’antibiothérapie maternelle pendant la grossesse (au 3ème trimestre notamment), les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) chez la maman, en évitant le tabagisme maternel et en privilégiant l’accouchement par voie basse.

Cette prévention se poursuit en post-natal en favorisant l’allaitement maternel puis une alimentation saine et équilibrée, en réduisant la prescription des IPP, en diminuant la prescription d’antibiotiques, en évitant le tabagisme passif, en favorisant l’exercice physique et en supplémentant l’enfant en vitamine D.

Peut-on moduler le microbiote ? Rôle des probiotiques

16 essais randomisés contrôlés ont été menés chez des nourrissons et des jeunes enfants. Ils ont retrouvé un risque réduit de diarrhée post-antibiotiques avec l'administration de probiotiques (RR 0,55, IC